仲裁协议约定两个以上仲裁机构的，当事人可以协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁;当事人不能就仲裁机构选择达成一致的，仲裁协议无效。选项A错误。
仲裁和诉讼是两种不同的争议解决方式，当事人只能选用其中的一种。发生纠纷后，当事人只能向仲裁协议中所约定的仲裁机构申请仲裁，而不能就该纠纷向法院提起诉讼。选项B错误。
仲裁事项，可以是当事人之间合同履行过程中的或与合同有关的一切争议，也可以是合同中某一特定问题的争议;既可以是事实问题的争议，也可以是法律问题的争议，其范围取决于当事人的约定。C错误。
双方因履行合同发生纠纷可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。选项D正确。