《建设工程质量管理条例》规定，在正常使用条件下，建设工程的最低保修期限为：(1)基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程，为设计文件规定的该工程的合理使用年限；(2)屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏，为5年；(3)供热与供冷系统，为2个采暖期、供冷期；(4)电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程，为2年。其他项目的保修期限由发包方与承包方约定。故选项A正确，B错误。
建设工程保修期的起始日是竣工验收合格之日。选项C错误。
缺陷责任期内，承包人认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。选项D错误。
《建设工程质量管理条例》规定，建设工程在保修范围和保修期限内发生质量问题的，施工单位应当履行保修义务，并对造成的损失承担赔偿责任。选项E正确。