发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3％。选项A错误。
采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他保证方式的，发包人不得再预留保证金。选项B错误。
缺陷责任期内，由承包人原因造成的缺陷，承包人应负责维修，并承担鉴定及维修费用。如承包人不维修也不承担费用，发包人可按合同约定从保证金或银行保函中扣除，费用超出保证金额的，发包人可按合同约定向承包人进行索赔。所以，选项C正确。
缺陷责任期内，承包人认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。选项D错误。