1．事件1中，总监理工程师和建设单位的做法有以下两处不妥：
(1)项目监理机构收到施工单位提交的工程变更申请后，总监理工程师直接与设计单位联系不妥。
(2)总监理工程师向建设单位报告施工单位申请工程变更事宜后，建设单位随即要求总监理工程师修改施工图并签署变更文件不妥。
项目监理机构收到甲施工单位提交的工程变更申请后，正确的处理程序如下：
①总监理工程师报建设单位；
②建设单位联系设计单位；
③设计单位修改施工图并签署设计变更文件；
④建设单位收到设计变更文件后转交项目监理机构；
⑤总监理工程师向甲施工单位发出工程变更单。
2．事件2中：总监理工程师向甲施工单位发出整改通知是正确的，因为甲施工单位是总包单位，建设单位与甲施工单位之间存在合同关系；总监理工程师向乙施工单位发出整改通知是不正确的，因为乙施工单位是分包单位，建设单位与乙施工单位之间无合同关系。 
工程施工存在质量、安全事故隐患，总监理工程师发出整改通知后，施工单位既不整改也未回函答复，属于施工单位拒绝项目监理机构管理。根据《建设工程监理规范》，总监理工程师应签发《工程暂停令》。
3．《建设工程施工合同（示范文本）》31．1款规定，“承包人在工程变更确定后14天内，提出变更工程价款的报告，经工程师确认后调整合同价格。”31．2款规定，“承包人在双方确定变更后14天内不向工程师提出变更工程价款报告时，视为该项变更不涉及合同价款的变更。”
本工程施工合同工期为2年，事件3中，甲施工单位在工程竣工结算时才将事件1中基础工程设计变更所增加的费用列入工程竣工结算申请，显然，已远超出14天的时限要求，故总监理工程师拒绝变更基础工程价款的做法是正确的。