第1问：
按照合同文件的解释顺序，协议合同条款与招标文件在内容上有矛盾时，应以协议合同条款为准。故本工程的施工工期为366天。
第2问：
建设单位只按照合同约定向施工单位提供工程施工图纸，其余相关规范费用由施工单位自行承担。
第3问：
医疗费用应由施工单位承担。在基坑开挖土方后，在四周设置围栏，按施工组织设计进行围挡和执行《公路工程施工安全技术规范》(JTGF90—2015)是施工单位的应采取的措施和履行的合同义务。未设围栏而发生人员摔伤事故，所发生的医疗费用应由施工单位承担。
第4问：
夜间施工虽已经征得建设单位同意，夜间施工增加费由建设单位负担，但它应当在工程预算定额中统筹考虑，不宜单独取费。因此，若有特殊需要需给附近居民补贴，该项费用应由施工单位来支付。
夜间施工费是根据建设需要和技术要求必须在夜间连续施工而增加的施工费用。建设项目经主管部门批准或根据设计、施工技术的要求，为确保建设工期和工程质量，必须在夜间连续施工的，其增加的照明设施、夜餐补助和降低工效等费用，施工单位可另向建设单位单独计取。凡应在施工管理费中开支的场地照明费，值班人员夜班津贴，隧道、洞库、井巷等工程照明设施费，已经包括在预算定额内的必须连续施工的夜间施工增加费，以及施工单位自行赶工发生的夜间施工增加费等，均不得向建设单位另行计取夜间施加费。夜间施工增加费属成本性质费用，会计核算上也作为工程预算成本。夜间施工增加费由建设单位负担，施工单位包干使用。故它应当在工程预算定额中统筹考虑，不宜单独取费。根据《公路工程建设项目概算预算编制办法》(JTG3830—2018)，夜间施工费用已包含在综合单价的措施费内，建设单位不再单独支付，除非建设单位有特殊要求。因此，若有特殊需要需给附近居民补贴，该项费用应由施工单位来支付。